Dalam upaya menjaga keberlanjutan lingkungan, KAI telah menerapkan sistem pengelolaan limbah yang lebih baik. Limbah yang dihasilkan dari operasional kereta api dan stasiun dikelola dengan cara yang ramah lingkungan. KAI memisahkan limbah organik dan anorganik untuk memudahkan proses daur ulang dan pengolahan.
Limbah organik, seperti sisa makanan dari gerbong kereta, dikumpulkan dan diolah menjadi kompos. Sementara itu, limbah anorganik, seperti plastik dan kertas, dikirim ke fasilitas daur ulang untuk diproses lebih lanjut. KAI juga bekerja sama dengan pihak ketiga untuk mengelola limbah berbahaya, seperti oli bekas dan baterai, dengan cara yang aman dan sesuai dengan peraturan lingkungan.
Selain itu, KAI telah mengurangi penggunaan plastik sekali pakai di stasiun dan kereta api. Misalnya, penumpang didorong untuk menggunakan tumbuhan atau botol minum yang dapat digunakan kembali, dan kantong plastik diganti dengan bahan yang lebih ramah lingkungan.